netcdf-fortran以及netcdf-python安装

官方指导文档：
Building the NetCDF-4.2 and later Fortran libraries

从4.2版本之后，Fortran库和C库要分开安装，而且要想安装Fortran的库必须先把C的库安好。安装NetCDF-C必须先安装zlib和hdf5，所以需要下载四个文件：
zlib、
hdf5、
NetCDF-C和NetCDF-Fortran。

安装NetCDF库

假设安装目录为/public/home/ed/soft/netcdf

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$ export DIR1="/public/home/ed/soft/netcdf"

安装zlib

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$ ./configure --prefix=${DIR1}
$ make
$ make check
$ make install

安装HDF5

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$./configure --with-zlib=${DIR1} --prefix=${DIR1}
$ make
$ make check
$ make install

安装NetCDF-C和NetCDF-Fortran

设置编译选项

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export F77=ifort
export FC=ifort
export F90=ifort
export FFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'

如果不想用gcc，而改用intel的编译器，则需要添加

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export CC=icc
export CXX=icpc
export CFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export CXXFLAGS='-O3 -xHost -ip -no-prec-div -static-intel'
export CPP='icc -E'
export CXXCPP='icpc -E'

对于C库

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$ CPPFLAGS=-I${DIR1}/include LDFLAGS=-L${DIR1}/lib ./configure --prefix=${DIR1} --enable-netcdf-4 --disable-dap
$ make
$ make check
$ make install

对于Fortran库

首先依然如上设置编译选项（如果未退出终端，无须设置），此外需要添加新的编译选项

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export LD_LIBRARY_PATH=${DIR1}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

然后编译过程如同C库

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$ CPPFLAGS=-I${DIR1}/include LDFLAGS=-L${DIR1}/lib ./configure --prefix=${DIR1}
$ make
$ make check
$ make install

添加路径

在~/.bashrc添加如下几行

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export PATH=/public/home/ed/soft/netcdf/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/ed/soft/netcdf/lib:$LD_LIBRARY_PATH

然后更新

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$ source ~/.bashrc

安装NetCDF-Python

先下载Python整合包Anaconda，里面已经包括常见的工具包，但并没有netCDF4，所以需要自己下载。因为netCDF4需要HDF5和NetCDF4，所以NetCDF库的安装不能忽略netcdf-4。
假设Anaconda的安装路径为/public/home/ed/soft/anaconda3。

首先，需要指定Python和NetCDF库的位置，可以在~/.bashrc中继续添加（接上面的添加）

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export PATH=/public/home/ed/soft/anaconda3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/ed/soft/anaconda3/lib:$LD_LIBRARY_PATH

更新

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$ source ~/.bashrc

进入安装目录，把setup.cfg.template复制为setup.cfg，修改配置文件（文件内有提示）。

编译安装

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$ python setup.py build
$ python setup.py install

可以查看是否安装成功

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> import netCDF4

或者，进入test文件夹中，执行

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$ python run_all.py